La comisión Directiva de Jufejus está presidida por Rafael Francisco Gutiérrez (presidente de la Corte Suprema de Justicia de Santa Fe) y por Héctor Negri (presidente de la Suprema Corte de Justicia de la Provincia de Buenos Aires) como vicepresidente. Además, cuenta con vicepresidencias regionales correspondientes a Patagonia, NEA, NOA y Cuyo.
El orden del día de la reunión de Comisión Directiva prevé, entre otros, los siguientes temas: estado de la situación institucional de cada una de las jurisdicciones, informe de la Comisión de Federalismo, reunión con el presidente de la Corte Suprema de Justicia de la Nación, Ricardo Lorenzetti, conclusiones del “IX Encuentro de Responsables de Mediación de los Poderes Judiciales”, Jornada sobre aplicación de las Reglas de Brasilia (28 de octubre de 2011) e informe sobre la III Ronda de Talleres de la XVI Cumbre Judicial Iberoamericana realizada en Cádiz (España) del 14 al 16 de noviembre de 2011.
