La reanudación del proceso era incierta porque la defensa alegó que el 18 de abril de 2013, en pleno desarrollo del juicio por genocidio, la jueza Claudia Patricia Flores dispuso dejar sin efecto todo lo actuado a partir del 23 de noviembre de 2011, cuando Ríos Montt gozaba de inmunidad por ser diputado en el Congreso Nacional.
No obstante, la Corte de Constitucionalidad (CC) dio lugar a las acciones de amparo que impugnaron esta resolución y que fueron presentadas por la fiscalía y los querellantes adhesivos, la Asociación para la Justicia y Reconciliación y el Centro de Acción Legal para los Derechos Humanos.
El 10 de mayo de 2013, el Tribunal Primero A de Mayor Riesgo condenó a Ríos Montt a 80 años de cárcel por genocidio y delitos de lesa humanidad. Otro militar enjuiciado por los mismos delitos, Mauricio Rodríguez Sánchez, fue absuelto.
Diez días después, la CC dio lugar a un recurso presentado por la defensa de Ríos Montt y ordenó anular todo lo actuado en la fase del debate a partir del 19 de abril de 2013, por lo que la sentencia emitida quedó anulada y el proceso deberá repetirse. Ríos Montt fue beneficiado con una medida sustitutiva y se encuentra bajo arresto domiciliario, aduciendo padecimientos de salud.
Con base en un informe de la Comisión para el Esclarecimiento Histórico, la fiscalía fundamentó su acusación de genocidio en testimonios y evidencias según los cuales durante los 17 meses que duró el gobierno de facto de Ríos Montt fueron asesinados 1771 miembros de la etnia Ixil, como parte de la lucha contrainsurgente de las Fuerzas Armadas bajo su mando.
