La medida fue dictada por el titular del juzgado Federal número 3, Arnaldo Corazza, en el marco de la causa Camps II, que investiga delitos cometidos durante la última dictadura militar. Consideró a Von Wernich partícipe necesario «prima facie» de 12 casos de privaciones ilegales de la libertad y coautor de 8 casos de torturas contra prisioneros ilegales de los centros «Puesto Vasco», «Pozo De Quilmes» y «Coti Martínez». También le dictó un embargo de 800 mil pesos.
Desde 2003 cumple arresto en el Cuerpo de Policía Montada de Capital Federal, en el marco de otro expediente también a cargo de Corazza.
En la resolución, a la que tuvo acceso la agencia Télam, el juez consideró que durante la declaración indagatoria del 12 de diciembre pasado, los dichos del ex capellán «coinciden con el resto de la prueba colectada en autos y ratifican de este modo, la concurrencia de Von Wernich a los lugares donde se cometieron los hechos ilícitos aquí tratados».
Al torturador no le sirvió haberse amparado en el secreto de confesión para no dar respuestas sobre su actuación en diferentes casos de violaciones a los derechos humanos.