Tras un durísimo dictamen del 23 de junio de 2005 del procurador general de la Nación, Luis Santiago González Warcalde, que recomendaba anular lo actuado por el Tribunal Oral, la Corte Suprema de Justicia hizo lugar al recurso y el 4 de julio de 2006 anuló la absolución de los seis imputados por privación ilegítima de la libertad y homicidio agravado (Pedro Miguel Bachi Scelzi; Julio Figueroa; Oscar Nene Ventos; Juan Martínez «o Villa»; Martín Coronel y Alejandro Díaz).
González Warcalde aseguraba, entre otras durísimas aseveraciones, que «merced a esa misma prueba, pero despojada de la viciosa interpretación que en forma aislada, y no en su conjunto, realiza el tribunal de juicio, se verifica pacíficamente que constituye una armadura conducente para tener por acreditada la participación de los imputados en los hechos que el tribunal tenía a su consideración: homicidio y privación ilegítima de la libertad». El tribunal estuvo conformado por Pascual Fervenza, Fabián López Moras y Jorge Amílcar García, con Diego Young como fiscal.
Algo más de un año después, la sucinta resolución de la Corte Suprema decía, textualmente: «Visto los autos ‘Recurso de hecho deducido por el querellante en la causa Martínez Juan Carlos y otros s/privación ilegítima de la libertad y homicidio agravado -Causa Número 14.257-‘ para decidir sobre su procedencia; y considerando: que esta Corte comparte los argumentos vertidos por el señor Procurador Fiscal en su dictamen de fs. 263/268 a cuyos fundamentos y conclusiones corresponde remitirse en razón de brevedad. Por ello, y concordantemente con lo dictaminado por el señor Procurador Fiscal, se hace lugar a la queja, se declara procedente el recurso extraordinario y deja sin efecto la sentencia apelada. Vuelvan los autos al tribunal de origen para que se dicte un nuevo pronunciamiento por intermedio de quien corresponda».
Sin embargo, la causa sigue navegando en medio de la impunidad en un crimen que el 10 de junio cumplirá su primera década. Y sin culpables.
En estos momentos, la Justicia uruguayense desde hace diez meses no puede avanzar sobre la orden de la Corte puesto que aún no pudo resolver la designación del nuevo fiscal.
La causa ya tiene un tribunal conformado desde junio de 2008, como mandaba el máximo estamento judicial de la Nación, sin embargo se complica la designación del nuevo fiscal.
El primero en ser nombrado fue Tomás Rojas, pero se excusó por haber cumplido esa función en el juicio que se llevó a cabo contra Marcela Álvarez, acusada de ‘entregadora’ de Flavia Schiavo, y que el 1º de diciembre de 2006 fue absuelta, habiendo sido hasta entonces la única detenida por el caso.
El paso siguiente fue designar a Fernando Lombardi, pero éste también se excusó, aunque su decisión fue rechazada por el Superior Tribunal de Justicia de Entre Ríos. Lombardi después presentó un recurso de amparo que todavía no tiene resolución.
