Como referencia histórica, mediante un Decreto de la Primera Junta de Gobierno, en 1810, redactado de puño y letra por el secretario de Gobierno y Guerra, Mariano Moreno, se designó como capitán de Puertos de las Provincias Unidas del Río de la Plata al coronel Martín Jacobo Thompson. El hecho constituyó el nacimiento de una nueva institución: la Prefectura Naval Argentina.
La Prefectura cuenta con un grupo de comandos de operaciones especiales denominado Grupo Albatros. Durante el cruento conflicto bélico de 1982, la institución militar intervino en cumplimiento de misiones en las Islas Malvinas y en el Teatro de Operaciones Atlántico Sur (Toas), con buques guardacostas, aviones y helicópteros.
