Trimarco fue mencionado en diversas causas penales por los crímenes de lesa humanidad que se cometieron en la provincia de Entre Ríos. En ese sentido se lo vinculó a la ejecución de un capitulo del conocido Plan Cóndor, al secuestro y desaparición del médico paraguayo Agustin Goiburu el 9 de febrero de 1977 en la capital entrerriana; los secuestros en Paraná y posteriores desapariciones de Pedro Miguel Sobko, Claudio Marcelo Fink, Victorio Coco Erbetta; el simulacro de enfrentamiento conocido como la Masacre de la Tapera, en que asesinaron y desaparecieron a Juan Alberto Beto Osuna y Carlos José María Fernández, en Paraná el 25 de septiembre de 1976; el secuestro y desaparición de Oscar Dezorzi y Norma Noni González en Gualeguaychú; el secuestro y desaparición de Sixto Francisco Zalasar, Julio Alberto Solaga y Jorge Emilio Papetti en Concordia; el funcionamiento de una maternidad clandestina en el Hospital Militar de Paraná y centenares de secuestros, torturas, exilios y cesantías.
Estuvo imputado en la causa Área Paraná por los delitos de privación ilegítima de la libertad agravada por la especial calidad de funcionario público, en abuso de funciones, mediante el uso de violencias y amenazas; aplicación de severidades, vejaciones y apremios ilegales, e imposición de tormentos, conductas agravadas por haber durado más de un mes; y homicidio doblemente calificado, que se enmarcan dentro del tipo genérico de delitos de lesa humanidad de desaparición forzada de personas.
Y en la causa «Trimarco Juan Carlos Ricardo y otros si supo inf. arts. 139 inc. 2° y 146 siguientes y concordantes, todos del código penal de la nación (ley 11.179)», conocida como Hospital Militar, por los delitos de sustracción y retención de menores de 10 años y sustitución de identidad de menores de 10 años (arts. 139 inc. 2 y 146 siguientes y concordantes del C.P. y de conformidad a los arts. 306 y 308 del C.P.P.N). Fue benficiado por las Leyes de Obediencia Debida y Punto Final.
