El desestimiento de la fiscalía de acusar a Von Wernich del asesinato de María del Carmen Morettini, una ex detenida desaparecida, generó la reacción de un integrante del público, el ex detenido Enrique Fucman, quien reclamó al fiscal, lo cual obligó al Tribunal a desalojar la sala y que continúe la audiencia sólo con familiares de las víctimas de los homicidios.
Durante el alegato, la fiscalía consideró que no existen atenuantes para graduar la condena al ex capellán y amplió la acusación a coautor por torturas agravadas en el caso del periodista Jacobo Timerman.
Según la fiscalía, en el debate quedó probado que Von Wernich concurría a los centros clandestinos de detención del denominado Circuito Camps, «donde quedó claro que no realizaba una función pastoral, sino cumplía un rol dinámico y era un interrogador habitual».
Pidió además que la condena a reclusión perpetua se aplique en el marco del genocidio ocurrido en el país a partir de 1976 y que se lo inhabilite de por vida para ocupar cargos públicos.
En tanto, las seis abogadas que integran el colectivo «Justicia Ya» marcaron una diferencia y pidieron un cambio de calificación para que se impute el delito de genocidio.
Las querellas de la familia del desaparecido Roberto Moncalvillo por un lado, y la que representa a la Asamblea Permanente por los Derechos Humanos y la Central de Trabajadores de la Argentina (CTA) por el otro pidieron la prisión perpetua y en el marco de la figura de genocidio, y que se añada el agravante de «traición a la Patria», respectivamente.
