Buena parte de este tramo de la causa de los cuadernos se estructuró alrededor de la declaración como arrepentido del empresario Wagner, que era el titular de la Cámara de la Construcción, y del financista Clarens, así como del relato de José López. El esquema que señala el juez en la resolución de elevación es que Clarens recibía plata en oficinas manejadas por él en la Ciudad de Buenos Aires y que le daba la recaudación a Muñoz en una habitación del Hotel Panamericano y/o en el departamento de la esquina de Juncal y Uruguay; José López recibía directamente el pago de algunos empresarios. Wagner había descripto un sistema de reparto de obras entre un grupo de empresas. El juez destaca el relato, en el área de transporte, de los empresarios Roggio y Gabriel Romero, además del de Claudio Uberti, ex titular del Organo de Control de Concesiones Viales (OCCOVI). Señala que en este caso los pagos estuvieron dirigidos tanto a adjudicación de obras como a concesión de corredores viales (peajes), el mantenimiento de subsidios, entre otros destinos.
Cuando un juez eleva un caso a juicio termina de resolver –en el caso de los cuadernos, de rechazar– las oposiciones a que eso ocurra o diversos cuestionamientos de los imputados. Varias defensas en esta causa coincidieron a lo largo del proceso en denunciar y cuestionar los procedimientos que describieron como extorsivos sobre los arrepentidos. Pero también la arbitrariedad y falta de fundamentos, por ejemplo, sobre la ausencia de precisiones y prueba respecto de las obras por las que se habrían pagado coimas. Hubo imputados colaboradores, como Clarens, que aportaron listados generales de obras y algunos pagos. El cotejo se hizo por fechas aproximadas y deducciones de algunos entrecruzamientos de llamados telefónicos. El fundamento, en su momento de la Cámara Federal y ahora también del juzgado, es que una investigación penal en la etapa de instrucción no requiere un grado de certeza absoluta, sino de sospecha. El resto, suelen repetir, se debe dirimir en el juicio oral.
Lo que resulta visible es que de las personas investigadas López y Muñoz son aquellos sobre quienes se pudo probar que incorporaron dinero sospechoso a sus patrimonios. En el caso de López lo tenía todo junto, en billetes que sumaban 9 millones de dólares, en el bolso que llevó al convento en General Rodríguez, y existe la sospecha de que habría recibido bastante más. A Muñoz se le detectaron sociedades y propiedades en Estados Unidos, que involucraban grandes sumas de dinero. Pero esto no se estableció respecto de nadie más, aunque se supone que la asociación ilícita como la plantea el juez tenía el objetivo de enriquecerse. A Cristina Fernández de Kirchner se la intenta implicar por los pagos que recibía Muñoz en el departamento de Recoleta, pero también se corroboró que entre 2003 y 2015 ni ella ni Néstor Kirchner usaron esa propiedad. Muñoz decía que iba a recoger las cuentas.
