Pacayut se encontraba internado desde hacía más de 45 días en la clínica paranaense, después de complicarse su salud mientras permanecía cumpliendo prisión en la cárcel de esta capital, derivado de sus problemas cardiológicos, que en el 2000 determinaron su alejamiento por un tiempo de la banca del Senado provincial.
En principio la justicia le otorgó el beneficio de “prisión domiciliaria”, pero a los pocos días tuvo que ser derivado al mencionado nosocomio privado, ante el agravamiento de su estado. Si bien se creía que podría lograr una recuperación, su situación volvió a complicarse, por lo cual tuvo que ser derivado a sala de terapia intensiva, donde ingresó en coma y nunca más retomó la conciencia, a raíz de una serie de complicaciones cerebrales. De hecho, estuvo casi un mes en estado de coma, por lo cual por lo cual nunca pudo ser trasladado a un instituto de Capital Federal, tal como se había previsto a poco de ser internado.
Desde diciembre de 2013 Pacayut cumplía una condena de tres años y cuatro meses de prisión efectiva en la Unidad Penal Número 1 de Paraná, por haber falsificado documentación para obtener una casa del Instituto Autárquico de Planeamiento y Vivienda (IAPV). Su estado de salud derivó en diversos estudios médicos y reiterados pedidos para cumplir su condena en su domicilio, lo que recién se autorizó en Semana Santa.
Pacayut tenía también en Casación, ante la Sala Penal del STJ, la apelación en la causa de Puerto Ibicuy, por la cual junto a su hermano y otros cinco procesados el ex legislador fue condenado por el desvío de Aportes del Tesoro Nacional (ATN) destinados a la construcción de la terminal fluvial. El ex senador y su hermano Carlos, ex titular del Ente Autárquico Puerto Ibicuy (EAPI), junto al empresario porteño Alberto Gavio fueron sentenciados a cuatro años de prisión y a pagar una multa de 90.000 pesos, por haber sido encontrados responsables de actuar en connivencia con el resto de los condenados.
