En esta última fecha la Provincia había restituido el capital abonado indebidamente por el impuesto a los Ingresos Brutos y sus accesorios, 2.354.154,64 pesos, correspondiente al período julio de 1993 a diciembre de 1996.
La Corte Suprema de Justicia de la Nación declaró la improcedencia de la pretensión fiscal de la Provincia, en un fallo que fue comunicado por la Fiscalía de Estado a la Dirección General de Rentas (DGR) el 24 de abril de 2002.
El 30 de setiembre de 2002, la empresa se presentó ante la DGR solicitando la devolución de los importes abonados el 17 de mayo de 1998, por Ingresos Brutos del período mencionado.
El 28 de octubre de 2005, mediante la Resolución Nº 468 de la Dirección de Impuestos, se dispuso devolver a Transener la suma de 2,3 millones, lo que se efectivizó el 17 de noviembre de ese año. La misma norma denegó el pago de los intereses, lo cual fue revocado por la Resolución Nº 22/06, del 13 de enero, tras la impugnación de la empresa.
