Entre las principales consecuencias se destacan: mayor afectación de áreas recreativas, mayores costos de los procesos de potabilización, corrosión de estructuras metálicas y deterioro de estructuras de hormigón, obstrucción de cañerías, afectación de la fauna acuática y problemas vinculados a la producción de sustancias tóxicas (neurotoxinas, hepatoxinas y dermatotoxinas)”.
Las microcistinas son promotoras de tumores y su presencia en agua de consumo humano se correlaciona con altos niveles de cáncer primario de hígado.