Se encomendó a la CARU el inicio del proceso de dragado y balizamiento del Uruguay, entre el Km. 0 y el Km. 187,1, a 23 pies de navegación (25 pies de profundidad), incluyendo el canal de acceso al puerto de Concepción del Uruguay, y los canales entre el Km. 187,1 y el Km. 206,8, Puerto de Paysandú, a 17 pies de navegación (19 pies de profundidad).
Para la concreción de la obra los estados parte aportan, por partes iguales, los recursos financieros necesarios. En este sentido el ministerio de Relaciones Exteriores de la República Oriental del Uruguay ya transfirió a la cuenta de la CARU del Banco República el 27 de agosto de 2014, la suma de US$ 3.437.500.
Por ese motivo, la CARU resolvió celebrar los acuerdos correspondientes con los organismos competentes de los Estados Parte para iniciar las actividades de dragado del Río.
Las primeras actividades de pre-dragado, que se realizarán en los pasos Márquez inferior, Márquez medio y Márquez superior, serán las batimetrías conjuntas entre la CARU y dichos organismos competentes. Estos trabajos se harán con la embarcación Ibirapitá, propiedad de la Comisión, dotada con equipos de última generación.
El dragado y balizamiento es una obra de suma importancia para Uruguay y Argentina ya que abaratará los costos del transporte fluvial y marítimo para la comercialización de los productos de la zona de influencia del río Uruguay.