El fallo emitido por los camaristas Juan Carlos Saife y Zunilda Niremperger, suplentes en el tribunal de alzada luego de que sus titulares fueran recusados, confirmó el procesamiento para Athos Renes, Rafael Carnero Sabol, Ricardo Reyes y Horacio Losito; los ex tenientes coroneles Aldo Martínez Segon y Germán Riquelme; el ex teniente primero Luis Patetta y el ex mayor Ernesto Simoni, quienes fueron considerados autores de 11 homicidios doblemente calificados por alevosía y cuatro desapariciones forzadas; en tanto el comisario inspector Carlos Marcelo Caraballo y el subcomisario Alfredo Luis Chas quedaron procesados como participes secundarios.
Los militares están detenidos desde el 30 de abril de 2005, en el cuartel chaqueño de La Liguria; mientras que el coronel Jorge Alcides Larrateguy fue desprocesado por su fallecimiento en mayo de 2005, y el mayor Norberto Raúl Tozzo se encuentra prófugo.
Los fusilamientos ocurrieron en la madrugada del 13 de diciembre de 1976, cuando efectivos del Ejército trasladaron a un grupo de presos políticos que previamente habían sido reubicados en la Unidad Número 7, donde los torturaron. Luego, fingiendo que los llevarían a la ciudad de Formosa, los subieron a un convoy de camiones militares y patrulleros. A la altura de Margarita Belén los hicieron bajar y los masacraron.
Los militares inventaron una historia oficial, según la cual los presos -militantes de la Juventud Peronista y de la izquierda- habían intentado escapar en dos vehículos, ayudados por un comando guerrillero. Sin embargo, pronto se demostró la falsedad de esta versión. De hecho, se supo que la masacre había sido planificada en los días previos y que las autoridades militares de la provincia estaban en conocimiento de lo que pasaría.
De hecho, en la investigación había estado imputado el fallecido jefe del Ejército Ricardo Brinzoni, quien fue durante la dictadura secretario general de la Gobernación. El propio Brinzoni había dicho en mayo de 2001 al diario chaqueño Norte que lo ocurrido en Margarita Belén había sido “una operación militar para eliminar delincuentes terroristas”, tras detallar que aquello consistió en “un fusilamiento encubierto de detenidos”.
La causa judicial se inició en el año 2001, a partir de una presentación efectuada por el Centro de Estudios Legales y Sociales (CELS), que presentó una querella ante la Justicia Federal de Resistencia para que se investigue a los responsables de la masacre. Con porterioridad se sumó también como querellante la agrupación Hijos por la Identidad y la Justicia contra el Olvido y el Silencio (HIJOS) Regional Chaco y luego hizo lo propio la Secretaría de Derechos Humanos de la Nación.
En 2003 se declaró en la causa la inconstitucionalidad de las Leyes de Obediencia debida y Punto Final. Tras largas peleas de competencia, el 17 de junio de 2003 se ordena la detención de los ejecutores, pero un mes después fueron liberados por la Cámara Federal de Resistencia que hizo lugar a un habeas corpus presentado por su abogado. Luego de resueltas todas las incidencias, se ordenó nuevamente la detención de los militares, pero Tozzo nunca se presentó ante la Justicia y permanece prófugo desde el 30 de abril de 2005.
